חללים בסלע
אקוויפר ההר משתרע מתחת לפני השטח באזור ההרים ולמרגלותיהם - מזכרון יעקב בצפון ועד לבאר שבע בדרום. מקובל לחלק את אקוויפר ההר לאקוויפר ירקון תנינים, שמימיו זורמים מתחת לפני הקרקע לכיוון הים התיכון, ולאקוויפרים המזרחיים, שמימיהם זורמים לכיוון בקעת הירדן.

אקוויפר ההר מורכב בעיקר מסלעי גיר ודולומיט סדוקים המכילים בתוכם חללים רבים. מי הגשמים היורדים על גב ההר מחלחלים לתוך סלעי האקוויפר ונקווים מעל שכבה אטימה למים.
אמנם באקוויפר ההר איכות מי התהום טובה, אך מכיוון שסלעיו מלאים סדקים וחללים גדולים, תנועת המים בתוכם מהירה, וכתוצאה מכך כאשר מופיע זיהום מעל האזור שבו חודרים המים לסלעים, הוא מתפשט במהירות ובתוך זמן קצר הוא מזהם את מי התהום באקוויפר כולו.